这次起兵以司马道子杀王国宝当替罪羊，王恭主动罢兵结束。桓玄断定司马道子懦弱无能，在第二年（398年）向朝廷求授广州刺史的官职。司马道子本就将桓玄看做潜在威胁，希望他走得越远越好，爽快地任命其为广州刺史。不想，桓玄只是刺探而已，接受了广州刺史的任命并不到番禺去上任，继续逗留在荆州等地。桓玄在荆州拉帮结派，聚拢力量，行为豪纵，俨然是荆州真正的主人。官民都忌惮他。荆州刺史殷仲堪的亲党劝刺史除掉桓玄，殷仲堪优柔寡断，迟迟不敢动手。马上，王恭第二次起兵。殷仲堪、桓玄和南郡太守杨佺期联合出兵。荆州内部的矛盾就暂时冷冻起来了。

这次起兵的结果是王恭被杀，殷仲堪等三人得到安抚，都被任命为刺史。三位刺史在浔阳结盟以求自保。桓玄因为家族声望和历史的缘故，被推为盟主。做了盟主后，桓玄更加骄纵。三人内部矛盾凸显。雍州刺史杨佺期为人骄悍，在与前秦的战斗中积累军功不断得到提升，算不上官场正途，为世族子弟所轻视。但他常常自诩家世华胄，是天下数一数二的豪门（他是弘农人，自称是弘农杨氏一员）。桓玄一点面子都不给他，每次都直呼杨佺期为“寒士”，处处压他一头。杨佺期咽不下这口气，早在三人筑坛定盟的时候就计划偷袭桓玄，干掉他。殷仲堪担心杨佺期勇武，恐怕他消灭桓玄后就要夺自己的荆州地盘，苦苦劝杨佺期不要鲁莽行事。杨佺期这才隐忍不发。三人结盟后，各归辖区。殷仲堪回江陵当他的荆州刺史，杨佺期去襄阳镇守。桓玄知道了杨佺期愤恨自己，又想吞并杨氏地盘，就屯兵夏口（今武汉）。三个盟友就各怀鬼胎，相互防备着。

司马元显了解三人的嫌隙，要诱发三人火并坐收渔利，就将杨佺期管辖的四个郡划拨给桓玄。杨佺期和桓玄的矛盾进一步加深了。

不久荆州发大水，殷仲堪这个父母官全力赈灾，拿出老本抚恤灾民，造成荆州仓廪空竭。桓玄乘人之危，发兵讨伐殷仲堪。江陵是桓玄的封地，哥哥桓伟还留在江陵。桓玄就密报桓伟，让他做内应。桓伟遑遽不知所为，竟然把信件拿去“请教”殷仲堪。殷仲堪劫持桓伟为人质，让他写信给桓玄。桓伟在信中，满纸凄苦，可怜巴巴的。桓玄却对部下说：“殷仲堪为人优柔寡断，患得患失的，老是考虑妻儿家室。我哥哥肯定没有危险。”桓玄继续督率大军，步步进逼江陵。殷仲堪派兵迎战，被桓玄接连打败。桓军推进到距离江陵只有20里的地方。殷仲堪之前向杨佺期求救。杨佺期担心江陵物资短缺、缺衣少食的，难以持久。殷仲堪就写信骗杨佺期说江陵储备丰厚，物资和军需都没有问题。杨佺期信以为真，和哥哥杨广一起从襄阳增援江陵。桓玄很重视杨佺期部队的锐气，避其锋芒，全军暂且退后。杨佺期围追其后，桓玄部队突然调转枪头迎战。经过一番苦战，杨佺期部队溃败，逃奔襄阳。桓玄派将军冯该追击。杨佺期、杨广兄弟分头出逃，还是被俘虏，送到桓玄面前，双双掉了脑袋。困守江陵的殷仲堪得知杨佺期的死讯，勇气丧尽，带上数百人弃城北上，要投奔后秦的姚兴，途中被冯该俘虏。桓玄下令杀死殷仲堪。此前，桓玄在进军江陵的途中，假传圣旨给梁州刺史郭铨，说朝廷已经将郭铨划归自己指挥。糊涂的郭铨莫名其妙地交出了权力，服从桓玄的指挥，做了征讨荆州的前锋。这些都是隆安三年（399年）的事情。

三刺史联盟仅仅维持了一年时间，桓玄就消灭了荆州刺史殷仲堪、雍州刺史杨佺期二人势力，尽占长江中游一带。次年（400年），朝廷不得已，根据桓玄的请求任命他为都督荆、司、雍、秦、梁、益、宁、江八州及扬、豫八郡诸军事、后将军，兼任荆江两州刺史。至此，桓玄恢复了父亲桓温时期的势力范围。

二

桓玄是东晋最大的实权人物了。朝廷虽然由司马道子、司马元显父子相继专权，但能够管辖的仅仅是江南八郡而已，江北由北府兵刘牢之、豫州刺史司马尚之分割，不仅江南又爆发了孙恩起义，一度失去控制。总之朝廷是四处树敌，捉襟见肘，处置乏力。而桓玄掌握着东晋超过一半的领土（他自称三分天下有其二），募兵征粮，持续自肥。桓玄本就有野心，如今更是大造舆论，说什么“国运转移”，还屡次在辖区内制造祥瑞“进献”给朝廷，名为宣示个人功绩，实为公然示威。

照此发展下去，桓玄迟早要重复其父桓温逼宫篡位的覆辙。长痛不如短痛，元兴元年（402年）正月，血气方刚的司马元显控制朝廷下诏讨伐桓玄。他自任征讨大都督，以刘牢之做前锋都督、征西将军。为了拉拢刘牢之，司马元显剥夺桓玄的江州刺史官职，转授给刘牢之。

桓玄没有想到朝廷这么快就公开讨伐自己。他之前敢高调示威，是觉得扬州饥馑，孙恩未灭，司马元显没有能力讨伐自己。桓玄盘算着趁机蓄力养众，等力量更强大些再和朝廷摊牌。听说司马元显讨伐自己，桓玄一开始感到害怕，想放弃东部郡县，退保大本营江陵。长史卞范之劝他说：“桓公英略威名振于天下，司马元显只是个乳臭未干的小儿，刘牢之是个反复小人。您如果兵临京师，示以威赏，敌人必然土崩瓦解。如今为什么要引敌入境主动示弱呢？”桓玄有了信心，留哥哥桓伟守江陵，召集兵马顺江而下进驻浔阳。到了浔阳，桓玄移檄建康，公布司马元显的罪状，反过来声称要讨伐司马元显。

这回轮到司马元显害怕了。他也就是一时意气用事，没有消灭桓玄的周密计划，也没有想到桓玄如此强硬的态度。他本来已经上了船，大军准备开拔了，看到檄文后迟迟不敢动身。仗还没开打，司马元显就在气势上输了。

那边，桓玄一边顺江而下，一边还在心里打鼓。他怀疑部众敢不敢与朝廷大军作战，会不会取胜。等到了过了浔阳，还没有见到司马元显的一兵一卒，桓玄悬着的心终于落了下来，部队的士气也高涨起来。桓玄兵抵姑孰，派遣部下击破了倾向朝廷的襄城太守司马休之和豫州刺史司马尚之。

司马元显没主意了，派使者向刘牢之询问战事。刘牢之也害怕。他一来担心桓玄威名鼎盛，手下有大批精兵强将，取胜的希望不大；二来，刘牢之担心即便平定桓玄了，自己也会功高震主，必定不能为司马元显所容。所以刘牢之犹豫不决，消极怠工，磨磨蹭蹭地带着北府兵进驻建康西南的溧洲就止步不前了。

桓玄适时地派其族舅何穆来当说客，劝刘牢之说：“高鸟尽，良弓藏；狡兔殚，猎犬烹。文种被勾践逼死，白起被秦始皇杀死，韩信被刘邦杀死，这些都是前车之鉴。那些英雄霸王之主，还不敢信其功臣，况且是愚昧平庸之流！盘古开天地以来，戴震主之威，挟不赏之功，以见容于暗世者，有谁呢？现在你的情况是，战败了则家族不保，战胜了也难逃满门抄斩的命运，你想怎么办？倒不如幡然醒悟，与桓公联手，保有富贵。身与金石等固、名与天壤无穷，比起手足异处、身名俱灭、为天下人耻笑，你选哪个？”刘牢之听了，觉得何穆所言有理，要派使者去向桓玄请降。

外甥何无忌和部将刘裕苦苦劝谏，觉得桓玄不可靠，刘牢之都听不进去。儿子刘敬宣也劝阻说：“今国家衰危，父亲和桓玄是天下最有实力的两个人。桓玄借家族优势，据有全楚，割朝廷三分之二领土，威望已成，父亲恐怕难以与他共存。父亲如果投靠他，只怕董卓之变，将在今矣。”刘牢之怒道：“你说的这些我难道不知道？今日，我是可能打败桓玄；但平定桓玄之后，我又怎么和司马元显相处呢？”最终，刘牢之还是派刘敬宣至桓玄营中请降。

桓玄大喜，热情款待刘敬宣。他接受了刘牢之的投诚，但对北府兵早有处置的意见。那就是要分化、杀戮北府兵，不能让它继续存在。荆州将领们都知道桓玄的心意，在招待刘敬宣的席上莫不相视而笑，笑话刘牢之的愚昧和短视。刘敬宣却被蒙在鼓里。